Хронолошката рамка на македонскиот неолит е компатибилна со постоечката периодизација на Балканот. Во археолошката карта на Македонија досега се регистрирани 200 неолитски локалитети. Во периодот од 6.300 до 4.200 год. п.н.е. на територијата на Македонија се дефинирани две културни групи, Анзабегово-вршничката (I-IV) и Велушко-породинската (I-IV), наречени по епонимните наоѓалишта (Барутница, с. Амзабегово-Вршник, с. Таринци; Велушка Тумба – Тумба, с. Породин) со заеднички материјални, но и индивидуални специфики.
Најголем дел од археолошките предмети во збирката на неолитот потекнуваат од периодот на развиениот неолит во Анзабегово-вршничката културна група II-III (5.800-5.300 год. п.н.е.), односно од локалитетот Тумба, Маџари. Останатите предмети потекнуваат од локалитетите во с. Стенче, с. Долно Палчиште, с. Мршевци, с. Лопате, с. Никуштак, с. Амзабегово, с. Горобинци, с. Дамјан, с. Ресава, с. Враниште.
Поголемиот дел од поставката им е посветен на керамичките покуќниски садови, но и на садовите за разни ритуални активности. Преку нивниот избор, квалитет, обликување и орнаментирање е презентирано грнчарството преку кое се воочуваат основните, но и индивидуалните елементи на културните групи. Керамиката од најстарите фази на Анзабегово-вршничката културна група е препознатлива по т.н. флорален стил со бело сликање. Орнаментите на керамичките форми со убава полирана основа на Велушко-породинската културна група се сликани со бела боја во форма на аглести, правилни триаголници, клепсидри, скалести ленти, буквата З, сигма.
Најголем процут неолитската култура во Македонија доживува во периодот на развиениот неолит, Анзабегово-Вршник II-III. Садовите како амфори и пехари со фина црвена основа се сликани со темни браон орнаменти на спирали, вертикални алтернирани дебели и тенки линии, често со вертикални спирали меѓу нив. Флоралниот стил продолжува со нови естетски инвенции. Како посебна форма меѓу керамичките садови во македонскиот неолит се издвојуваат аскосите. Доцниот неолит го означува времето на новите општествени и етнокултурни промени. Стратиграфските податоци го детерминираат последниот слој од Анзабегово-Вршник IV (5.300-4.200 год. п.н.е.) со појавата на т.н. винчанска керамика.
